默那英

施家少爺有病，施夫人往廟宇求神，廟祝教她收養一乾兒子小老鼠來檔災，原來正是小老鼠的父親想將兒子賣往富貴人家的計劃。小老鼠賣入施家，很不習慣那種有規律的生活，更與專門服侍他的僕人饅頭作對，令饅頭憤然辭職。小老鼠更製造一件謀殺自己的兇案來逃走，好讓施家不再找尋他。小老鼠逃走後，碰上神偷夜貓，當夜貓知道小老鼠的故事後，便靈機一觸，要小老鼠扮鬼嚇人，而夜貓則扮神父去捉鬼，從中騙取財物……。正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ON...。春天的某日，柯南和小兰受服部平次和远山和叶的邀请，再一次来到大阪城观光。原本平平常常甚至有些无聊的行程，却因为三个少年的出现而变得乐趣横生。他们是江坂茧美、八木干彦和大泽健太，无论外貌还是长相都与远在东京的步美、光彦和元太极其相似。少年们找到平次，拜托他帮忙找出失踪的伙伴小智。柯南实在受不了平次安排的枯燥行程，于是答应了少年们的请求。众人经过一番推理，决定先从线索之一的大阪环线入手。平次在电车上无意中看到正在执行任务的大泷警官，而这似乎又与当天早上发生的抢劫信用社有关。小智的失踪事件、银行的抢劫案，它们彼此之间究竟有何关联？。